El significado del topónimo de Cobos tiene el mismo significado que cubos o torre redonda. Ya en octubre del año 1081 se le citaba en la documentación de Cardeña como Cobo, si bien en 1352 en el Becerro de las Behetrías se le citaba como “Cuevas” que parece una frecuente cacofonía del Becerro de Covos. Pero no quiere decir que Cobos tenga por ello significado de lugar de cuevas, como alguien defiende, sino lugar de cubos o torres redondas.
A mediados de este siglo XIV, Cobos o Cuevas de Riofrancos era lugar de behetría del famoso Juan Rodríguez de Sandoval, gozando del señorío natural del lugar los Lara, Villalobos, Castañeda y don Pedro, hijo de Diego de Haro.
En los años medios del siglo XVIII, Cobos era una villa de señorío, aunque se mantenía un pleito por ello entre la Duquesa de Alba y el Conde de Benavente, encargado éste de la administración de la villa. Ya en 1785, era villa secular con alcalde pedáneo; al crearse las provincias en 1833, Cobos pasó a la provincia de Palencia.
Dentro del siglo XX, en 1930, el municipio de Cobos de Cerrato estaba conformado por esa villa y los caseríos de Hoyales, La Rellosa, San Juan de Castellanos y San Miguel. Ya en 1955, dejó de pertenecer a la Archidiócesis de Burgos y pasó a formar parte de la diócesis palentina.
Pero, todavía en el siglo XVIII, Cobos contaba con cuatro ermitas: la del Cristo de la Vera Cruz, la de San Bartolomé, San Quince y Santa María.
En el que fuera poblado medieval, San Juan de Castellanos, hay uno de los mejores enebrales autóctonos de Castillas y León.
La iglesia parroquial de San Román fue construida en el primer tercio del siglo XVI, de una sola nave, aunque restaurada y repintada en los años 70 del siglo pasado. En la parte de la Epístola se abre una bella portada plateresca con un relieve en el tímpano de la Piedad.
En el lado del Evangelio, destaca un retablo renacentista, de mediados del siglo XVI, con el típico relieve de San Martín partiendo la capa con el mendigo y un San Sebastián. El retablo mayor del Presbiterio es renacentista de finales del siglo XVI con buenos relieves de los cuatro Evangelistas, San Roque y otros. Otro retablo renacentista, de mediados del siglo XVI, en el lado de la Epístola, con varios relieves: del Nacimiento, Adoración de los Reyes, Santa Catalina, Santa Julita, etc. Y un Crucifijo del siglo XVII.
A mediados del siglo XVIII, Cobos contaba con 29 vecinos; a mediados del siguiente, con 85 o bien 442 habitantes; en 1900 disponía de 427, en 1930 de 644, en 1960 de 637 y, en nuestras días, en 2006 de tan solo 206.